合理设置BIOS参数
PCI-E显卡不像AGP显卡那样,需要在BIOS设置中调节AGP模式、Fast Write等常用选项，不过为了满足用户需求，不少主板在BIOS中提供了一些针对PCI-E显卡的设置选项，一般而言，PCI-E总线的默认频率为100MHz，比AGP的66MHz高了33%为了方便用户超频，一些主板BIOS提供了PCI-E的频率调节选项，允许用户在一定范围内手动提高PCI-E的频率，从而进一步提升PCI-E总线的带宽与速度。但需要注意的是，频率不可以设置得太高，否则无法确保显卡正常工作，应该进行多次测试，寻找一个更为适合的频率。
另外，如果强行提升PCI-E显卡频率，由于功耗的提升，需要提供足够的电压来保证显卡正常工作，因此不少主板在提供了PCI-E显卡频率调节功能的同时，也会提供PCI-E电压调节选项，而用户适当提升电压会使显卡工作更加稳定，不过需要注意的是，不可将显卡电压提升太高，毕竟电压太高容易损坏显卡，一般以0.1V为档次提升比较好，同时提升0.1V后最后进入游戏测试一下，确保没问题后继续增加电压，直到自己满意。
供电与散热
PCI-E显卡提供了8GB/s带宽，同时功耗也越来越高，以往AGP显卡的功耗大约为35W，而PCI-E显卡却达到了75W。因此要求电源必须提供更稳定的电压，这就应该考虑搭配一款主流ATA 12V 2.0版电源，一来可以提供更稳定的功率给PCI-E显卡使用，确保长时间稳定运行，二来新版电源提供了高端PCI-E显卡所需要的6pin辅助电源接口。
对于一些老电源，由于没有提PCI-E显卡专用的6pin接口，因此需要通过单独购买PCI-E转接供电线，将该转接供电线连接到电源上的普通4-Pin接口，这样即可给PCI-E显卡供电了。在散热方面，PCI-E显卡发热量比较大，除了给显卡更换更好的散热风扇外，机箱内部散热不合理，显卡热量随空气上升到机箱上部，导致整个系统散热能力下降，机箱内部温度升高，因此需要在机箱内部建立合理的散热风道，以确保显卡热量及时散热。
驱动简单优化性能
与普通AGP显卡一样，使用驱动或软件对PCI-E显卡进行超频，可以更快地获得理想的超频性能。值得庆幸的是，对NVIDIA PCI-E显卡，只要安装新版ForceWare驱动程序，然后进入驱动设置面板，就可以找到一个“时钟频率设置”选项，进入该设置选项后，点选“手动超频”选项，即可通过鼠标拖动核心时钟频率和内存时钟频率的数值，从而实现轻松超频的目的。
对于ATi的PCI-E显卡，如果驱动面板中没有找到超频选项，可以使用PowerStrip通用显卡超频工具，运行软件后，进入“Performance profiles”的“Conifgure”选项，然后通过调节滑块来调整显示核心/显存的频率。不过需要特别强调的是，在调整显卡频率时，千万不要太贪心，一定要小幅度的调整，建议调整完毕后用3Dmark03等软件测试一下，如果通过所有测试项目并且画面不花，系统正常的话，表示该频率可以正常运行。